Бегство с Аиура и битва за Шакурас

События Brood War следуют сразу вслед за событиями оригинального Starcraft. Сверхразум уничтожен, но цена победы велика. Силы протосов понесли ужасные потери, верховный совет мёртв, а миллионы зергов продолжают рыскать по Аиуру.

В сложившихся обстоятельствах выжившие протосы под командованием Зератула и Рейдеры Рейнора принимают решение об эвакуации в тайный мир тёмных темпларов Шакурас.

Слева направо: Артанис, Зератул, Алдарис, Рейнор

Зерги проникают на Шакурас вслед за войсками экзекутора. Перед лицом угрозы тёмные храмовники доброжелательно встречают своих братьев и совместными усилиями им удаётся отбить портал между Аиуром и Шакурасом. Однако множество зергов уже проникло в мир тёмных храмовников. Матриарх Разшагал предлагает план, как уничтожить все силы противника на планете одним ударом. Для этого необходимо найти два древних кристалла Ураж и Халис и поместить их в древний храм Зел-нага. Тогда энергия кристаллов высвободится и разом уничтожит всех зергов на планете. Но сначала необходимо очистить сам храм от оккупировавших его сил зергов, ведомых двумя церебралами.

Примечание: Ни Starcraft, ни Starcraft Brood War не были официально переведены на русский язык. Поэтому часто возникает путаница с переводом тех или иных названий. В рунете кристаллы часто называют Урай и Кхалис, однако в оригинале их названия звучат именно как "Ураж" и "Халис".

Храм Зел-нага захваченный зергами

После успешного выполнения миссии появляется Керриган и просит аудиенции. Она клянётся, что после уничтожения Сверхразума больше не служит зергам и предлагает протосам помощь, а также сообщает, что на Чаре растёт новый Сверхразум. Несмотря на скепсис Зератула, матриарх Разшагал принимает помощь Сары. Отряд экзекутора отправляется на планету Браксис, где при помощи Керриган получают кристалл Ураж.

На обратном пути протосы попадают в блокаду недавно прибывшего флота ОЗД, но благодаря смекалке и смелости Артаниса, благополучно сбегают. Чтобы получить Халис отряд экзекутора прилетает на Чар, который по-прежнему кишит зергами.Силы протосов слишком малы, чтобы пробиться к кристаллу, поэтому Керриган берёт контроль над частью Роя и помогает завладеть кристаллом. Контролируемые новым Сверхразумом зерги пытаются помешать, но безуспешно.

Растущий Сверхразум на Чаре

Не понятно, почему тёмные храмовники не убили новый Сверхразум, хотя у них и была такая возможность во время операции по захвату Халиса.

Получив оба кристалла и шанс на спасение Шакураса войска экзекутора возвращаются в родной мир тёмных храмовников только для того, чтобы узнать о поднятом Алдарисом мятеже. Разшагал приказывает уничтожить протосов лояльных Алдарису. В ходе конфликта войска экзекутора одерживают верх. Зератул хочет допросить лидера мятежников, но Керриган поспешно убивает его, не дав заговорить. За вмешательство во внутренние дела протосов тёмный храмовник изгоняет Королеву клинков.

Начинается финальная битва за Шакурас. Протосам удаётся принести и активировать кристаллы в храме Зел-нага. Все зерги на Шакурасе уничтожены.

ОЗД вступает в игру

Пока протосы воевали с зергами на Шакурасе в секторе Корпулу появилась новая сила. Земля послала огромный флот под руководством прославленного адмирала Дю Галла разобраться с происходящим - подчинить Доминион власти ОЗД и раз и навсегда покончить с угрозой зергов.

По сценарию военной кампании сначала предстоит разобраться с Менгском. Флот ОЗД атакует бланету Браксис, чтобы получить информацию о войсках Доминиона. К ним примыкает Самир Дюран, бывший офицер Конфедерации. Дюран делится с командованием важными развед данными и тем самым заслуживает доверие Стукова и Дю Галла. 

Чтобы лишить Доминион флота силы ОЗД атакуют верфи планеты Дилариан. В результате блестяще проведённой спец операции отряды пилотов при прикрытии войск захватывают много стоящих в доках крейсеров Доминиона. Прибывший для контр-атаки флот генерала Дьюка попадает под удар только что захваченных кораблей и полностью уничтожен. Флот ОЗД получает полное превосходство в космосе и может готовить к нападение на столицу Доминиона Корхал.

Однако в этот момент становится известно о существовании на Тарсонисе, разрушенной столице Конфедерации, пси-дисраптера. Это устройство способное подавлять ментальные связи зергов и превращать Рой в неуправляемую дикую стаю. По совету Дюрана силы ОЗД летят на Тарсонис, чтобы найти и уничтожить устройство. После захвата устройства Стуков берёт его уничтожение на себя.

Рейнор приходит на помощь Менгску

В Brood War планета Корхал и город Августоград представляют собой красную пустыню. В Starcraft 2 это цветущий край.

Тем временем план атаки на Корхал готов и войска землян успешно штурмуют Августоград. С Доминионом покончено, Менгск пытается бежать, и в последний момент это удаётся благодаря неожиданному вмешательству Рейнора и Феникса. Флот ОЗД устремляется в погоню, и настигает беглецов возле телепортационных врат протосов. В этот момент на войска ОЗД в регионе нападают значительные силы зергов, и Рейнор, Менгск и Феникс бегут через врата.

Алексей Стуков срочно летит на Браксис, чтобы использовать против зергов пси-дисраптер, который он тайно сохранил. Дюран обвиняет его в предательстве и саботаже. Дю Галл прислушивается к Дюрану и отправляет его разобраться в ситуации. Но вскоре выясняется, что именно последний является предателем и более того, служит Саре Керриган. Дюрану удаётся убить Стукова, но пси-дисраптер удаётся спасти и использовать против зергов.

Флот Дю Галла отправляется на Чар, чтобы захватить новый Сверхразум и через него контролировать весь Рой. Войска ОЗД одерживают победу и теперь кажется что никто уже не сможет бросить вызов их господству в секторе.

Грязная война

Дю Галл встречает Керриган на Чаре

После победы сил ОЗД Керриган оказывается в сложной ситуации. Её контроль над собственным Роем неустойчив из-за пси-дисраптера,  значительная часть зергов под контролем землян. В этих условиях Королева клинков заключает союз с Рейнором, Фениксом и Менгском.

Первым шагом к победе над ОЗД является уничтожение пси-дисраптера, что и было сделано с помощью Рейдеров Рейнора. Затем подконтрольные Керриган силы зергов атакуют Морию, богатую минералами столицу Кел-морианского союза, с целью обеспечить Рой ресурсами в предстоящей атаке на захваченный войсками Дю Галла Августоград.

Несмотря на сопротивление землян и подконтрольных им зергов, Рой уничтожает все войска ОЗД на Корхале. Пока силы Рейнора и Менгска отдыхают после боя Керриган решает, что настало время избавиться от ненужных союзников. Зерги внезапно атакуют ничего не подозревавшие силы Феникса и Дьюка и убивают двух последних. Рейнор в ярости. Он клянётся уничтожить Сару и улетает в неизвестном направлении. Керриган оставляет Менгска в живых на руинах своей империи.

Феникс убит. Рейнор обещает отомстить

Удивительно, что после всех бед, которые Керриган принесла человечеству в целом и Рейнору лично, он с таким энтузиазмом бросается спасать её в Starcraft 2.

Теперь Королеве клинков осталось покончить с контролируемым ОЗД Сверхразумом и контроль над Галактикой будет её. Только тёмные храмовники способны уничтожить церебралов или Сверхразум, поэтому Керриган необходима помощь Зератула. Она похищает матриарх Разшагал и предлагает обменять её на помощь тёмных храмовников в уничтожении Сверхразума. Рой штурмует чар, после того как оборона сломлена Зератул убивает Сверхразум./p>

Однако Керриган не возвращает Разшагал протосам. Выясняется, что последняя уже давно попала под влияние Королевы клинков, ещё до того, как Керриган прибыла на Шакурас. В отчаянной попытке Зератул похищает матриарх, в надежде найти способ избавить её от контроля со стороны Керриган. Посланные в догонку зерги настигают протосов? и тёмный храмовник убивает Разшагал, чтобы она не досталась Рою. Королева клинков оставляет Зератулу жизнь и тот покидает планету.

Тем временем к Чару подходят три флота: протосы во главе с Артанисом,остатки войск Менгска и Дю Галла, все хотят уничтожить Королеву зергов. Дюран таинственно исчезает. В масштабной битве на орбите Чара Керриган разбивает всех своих врагов и получает контроль над галактикой. Артанис и Менгск отступают зализывать раны, флот ОЗД полностью уничтожен, Дю Галл кончает с собой.

Зератул прилетает на отдалённую планету. Там он находит научно-исследовательский центр, занимающийся созданием гибрида протос-зерг. За экспериментами стоит Дюран, который, как оказывается вовсе не служит Керриган, а лишь использовал её в своих целях. Истинные мотивы Дюрана станут понятны лишь во второй части Starcraft.